檸檬冷庫是比較常見的保鮮冷庫，檸檬在保鮮冷庫中可以儲存幾個月的時間，儲存溫度在0-10℃，可以有效降低細菌滋生率，減緩新陳代謝速度，從而提高保鮮期，是種植檸檬以及經銷商常用的保鮮冷庫。

檸檬在檸檬冷庫中貯藏溫度為0-10℃，相對濕度為85%-90%，這是檸檬保鮮貯藏條件，可高效率保持原本果實的品質，可讓果實在反季節銷售帶來更好的價值。

檸檬氣調保鮮冷庫是在普通的保鮮冷庫基礎上增一個氣體制造控制系統來控制保鮮冷庫內空氣的比例。如氧氣、二氧化碳的成分等，減慢果實的呼吸，從而減少果實的耗能，延長其果實的保鮮時間和貨架銷售時間。檸檬在氣調保鮮冷庫貯藏氧氣控制在：5%-10%。如果氧氣成在下低于3%的情況下貯藏一些日子會對檸檬產生不好的影響，至果實變味；當氧氣高于10%人含量時，會直接導致檸檬出現腐爛和減少酸味。二氧化碳可以抑制綠色檸檬退色，如果長時間氣調保鮮冷庫貯藏的檸檬還可以加深檸檬果實的顏色，從而可以降低檸檬酸的含量。 

冷庫貯藏將采下的檸檬果用木箱包裝運輸至冷藏庫，預冷至10℃，挑選無病蟲害、無機械傷、無腐爛的檸檬果用于貯藏。用0.01毫米厚的高密度聚乙烯膜或0.02毫米厚的低密度聚乙烯膜制成小包裝袋，將檸檬單果裝入，擰緊袋口，放入包裝箱內。將包裝箱在庫內堆碼成垛。垛間要留有空隙以利通風。

檸檬貯藏要注意病害，如檸檬腐爛主要是真菌引起的敗壞，無生理腐爛。檸檬的青霉病、綠霉病多發生于貯藏3個月之后；檸檬的蒂腐病發生于貯藏結束時。可用殺菌劑在檸檬果實貯藏前進行處理。

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